Flora jelitowa może być zaburzona przez koleje tygodnie, a nawet miesiące. Zatem terapia po antybiotyku powinna trwać kilka tygodni, a nawet miesięcy – w zależności od tego, jak dużemu zniszczeniu uległa mikroflora.

Podstawową zasadą jest zachowanie jak najdłuższego odstępu czasowego pomiędzy przyjmowanym antybiotykiem i synbiotykiem. Nie można przyjmować obu z tym samym posiłkiem, bo antybiotyk zabija bakterie. Konieczny jest odstęp kilku godzin. Największą skuteczność uzyskamy przyjmując synbiotyki do posiłku, trochę mniejszą skuteczność będzie miało połknięcie go go po posiłku, a najniższą – gdy jemy go na czczo. Nie wolno popijać synbiotyków gorącym płynem ani przyjmować ich podczas jedzenia gorącego posiłku. Wiele bakterii probiotycznych jest podatnych na działanie ciepła i po prostu nasza terapia będzie nieskuteczna.

Jeżeli stosujemy kilka preparatów z kulturami bakterii, nie łączymy ich i nie spożywamy jednocześnie. Niektóre szczepy bakterii mogą kolidować z innymi, przez co nasza terapia nie przyniesie oczekiwanych przez nas skutków.